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生信篇 | 长读长序列比对工具介绍

来源: | 作者:/ | 发布时间: 2024-04-26 | 103 次浏览 | 分享到:




前言


随着测序技术的不断发展,尤其是近些年崛起的长读长测序,产生了大量的长读长序列,如何高效率地将这些reads比对到参考序列上,成了人们关注的重要问题。



简介


本文介绍一款专门应用于单分子测序single-molecule sequencing(SMS)产生的序列比对分析工具,具有鲁棒性(robust)强,灵敏度(sensitive)高等优势。软件文章pathMap: a path-based mapping tool for long noisy reads with high sensitivity发表在Briefings in Bioinformatics(IF=9.5)上,可下载阅读。pathMap独有特征是通过最长的path来选择最佳比对的链。

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软件安装

硬件需求:

  • Intel Core i3 2100 or later for Windows

  • Color display capable of 1024 X 768 pixel resolution


内存需求:

  • 800M磁盘空间,16G运行内存。


软件安装:

  • 直接在GitHub上下载zip安装包,解压后在pathmap-main目录下进行make编译即可。

  • pathmap后出现帮助文档信息,表明软件完成安装,可以正常使用。



软件使用

运行命令:使用默认参数进行演示

./pathmap-main/pathmap GCF_000005845.2_ASM584v2_genomic.fna ecoli_500kb_reads.fastq > pathmap_aligned.sam

pathmap_aligned.sam即比对的sam文件,可用于后续的分析。


软件优势


与其他类型的比对工具进行比较:

测序的纠错可靠性更强:无论在低错误率区还是在高错误率区,序列的mapping都有稳定而准确的表现;


在对病原微生物的种属鉴定种中有更高得灵敏度;



运行速度和内存使用:pathMap运行速度较快,占用内存与Winnowmap2相当。


参考文献


[1] Wei ZG, Zhang XD, Fan XG, Qian Y, Liu F, Wu FX. pathMap: a path-based mapping tool for long noisy reads with high sensitivity. Brief Bioinform. 2024 Jan 22;25(2):bbae107.

[2] https://github.com/zhang134/pathmap.git