生信篇 | 三代测序质控：NanoFilt vs Filtlong，谁更胜一筹？

• 使用Python编写，支持流式处理（stdin/stdout）

• 适用于快速过滤 Nanopore/PacBio 数据

• 支持设置平均质量、最小长度、首尾裁剪等参数

• 使用C++开发，效率更高

• 核心理念是打分排序 + 截留最优子集

• 可结合参考序列选择对参考更接近的 reads

• -q：最低平均质量（Phred）

• -l：最小read长度

• --headcrop：去除首端碱基（清理起始低质区域）

• --tailcrop：去除尾端碱基（去除末端漂移或污染）

🌟为什么要设置 --headcrop / --tailcrop？

因为三代测序因信号捕获机制，首尾碱基常存在质量劣化或接头残留，容易误导下游分析。合理裁剪首尾可有效提升 reads 整体质量，降低比对错误率。

• Nanofilt：原生支持标准输入/输出（stdin/stdout），可无缝嵌入 | minimap2 | samtools 流式流程；

• Filtlong：支持从 stdin 读取数据，但输出默认写入文件，若需输出到 stdout 需显式使用 -，但流式处理兼容性相对较差，建议作为独立质控步骤使用。

• Nanofilt更侧重高效质量过滤，操作简洁且裁剪功能灵活多样；

• Filtlong更适合按目标碱基量筛选优质reads，支持基于参考的辅助优化；

• 若目标是精简且高质量子集，Filtlong 优势明显；反之若注重整体数据质量均衡，NanoFilt 更为便捷。