生信篇 | 病毒重组分析工具介绍（文末附相关软件下载链接）

病毒重组是病毒进化的重要驱动力，可导致毒株的毒力、传播性及抗原性发生显著改变，对公共卫生构成持续威胁。近年来，新发突发传染病频繁出现，许多疫情均由重组病毒引发。因此，开展病毒重组分析不仅有助于揭示病毒起源、进化动态，更是评估流行风险、制定精准防控策略及开发有效疫苗和药物的科学基础。

为深入解析病毒基因组重组特征，本文介绍两款专用分析软件：RDP4 (Recombination Detection Program version 4) 和 Simplot (version 3.5.1)。RDP4软件集成了多种统计方法，可系统性地对大量序列进行扫描，灵敏地检测潜在的重组断点并鉴定其亲本来源。在此基础上，我们进一步使用Simplot (v3.5.1) 进行可视化验证，直观地展示重组区域的一致性，对RDP4的分析结果进行交叉确认与精细呈现。两款软件的联合应用，极大地提高了重组事件检测的可靠性与准确性。

序列比对：mega（Version 11.0.13）直接下载按步骤安装在Windows电脑上、ClustalW（使用conda安装在Linux服务器上）；

重组分析：RDP4和Simplot直接安装在Windows电脑上。

*文末均有下载链接

• 使用ClustalW在服务器上进行比对：速度较快，推荐使用。

RDP4重组分析：

1.将上述对齐后的文件test.meg或test.aln作为输入文件，加载到RDP4中。

2.在Options命令按钮中进行参数的设置，一般使用默认参数设置就可以，根据自己的需求，勾选要使用的算法，这里选择了7种算法：RDP、GENECONV、Chimera、MaxChi、BootScan、SiScan和3Seq进行分析。点击ok进行确认。

3.直接点击Run，或选择自己需要的分析要求进行Run。

4.运行结果：在给出的Event no.4中查看test序列的分析结果，Major parent来自于2的序列，Minor parent来自于9的序列，并且所有的选定算法都是支持的（Detection methods显示“+”），表明结果分析可靠。

Simplot验证与可视化：针对RDP4分析挑选出来的结果进行进一步的验证和可视化。

1.将需要分析的序列保存到新的fasta文件中，这里记为test_sel.fa，进行比对将序列对齐后的结果文件载入到Simplot软件中，可根据字符数进行Groups的识别。

2.设置参数，SimPlot子界面中将需要分析的目的序列作为Query，其他可设置默认值。

3.点击DoSimplot或Start Scan进行分析，得到如下结果，横坐标表示对应的序列位置，纵坐标是序列一致性数值，两条序列交叉替换的部分可能为重组信号。

4.可对结果图进行修改，比如点击线条进行颜色的替换，Options添加网格线，添加位置线，结果显示在5562nt~12099nt区间内9的序列片段与目的序列test同源性更高。

综上所述，RDP4与Simplot的联合应用是病毒重组分析的标准实践。RDP4软件负责初步筛查与鉴定潜在的重组事件和断点，而Simplot则用于对结果进行可视化的验证与精细呈现。两者结合，相互印证，极大地增强了重组分析结果的可靠性与准确性，为后续的进化研究和流行病学解读提供了坚实的数据基础。